元朝軍事制度是蒙古舊制和中原王朝軍制的結合體。忽必烈建國後，保留了鐵木真創立的四怯薛輪番入侍宿衛制度。蒙元宿衛軍隊一般在萬人以上，由皇帝或親信大臣直接節制。擔任京城(大都和上都)防衛的軍隊是侍衛親軍，到元末曾先後設置三十餘衛，衛設都指揮使或率使，隸屬於樞密院。鎮守全國各地的是鎮戍軍。軍隊有蒙古軍、探馬赤軍、漢軍、新附軍等。
蒙元軍隊主要由四部分構成：蒙古軍，以蒙古人為主，包括少量歸化蒙古的色目、突厥、高麗、黨項等非漢人組成的部隊；探馬赤軍，初指從蒙古諸部抽取精銳組成的前鋒､重役或遠戍部隊，後來也有色目人等加入；漢軍﹐主要是由原金統治區的漢人和少量女真人､契丹人組成的部隊﹐還包括早期改編的南宋降軍；新附軍﹐即滅南宋前後改編的原宋軍。此外﹐侍衛親軍中還有些按族屬組編的色目人部隊。軍隊按十進制編製﹐分為萬戶府(統兵3000∼7000人)､千戶所(統兵300∼700人)､百戶所､牌子(10戶)等4級﹐分由萬戶､千戶､百戶､牌子頭統領。非蒙古軍的萬戶府､千戶所又置「達魯花赤」﹐是為監軍官﹐專由蒙古或色目貴族擔任。萬戶府上設都萬戶府､大都督府等﹐侍衛親軍在千戶所上設指揮使司。
蒙古軍(包括色目人部隊)主要是騎兵。漢軍､新附軍大多為步軍﹐也配有部分騎兵。水軍編有水軍萬戶府､水軍千戶所等。炮軍由炮手和制炮工匠組成，編有炮手萬戶府､炮手千戶所﹐設有炮手總管等。一部分侍衛親軍中﹐還專置弩軍千戶所﹐管領禁衛軍中的弓箭手。
軍隊依承擔任務的不同﹐區分為宿衛和鎮戍兩大系統。宿衛又分為皇帝直轄的「怯薛」軍和由樞密院統領的侍衛親軍﹐平時主要護衛宮廷﹐守衛京畿﹐戰時也出京征伐﹔鎮戍諸軍，屯戍於全國衝要地區。北方是蒙古軍､探馬赤軍的重點戍防地區；淮河以南主要由漢軍､新附軍屯戍﹐並配置部分蒙古軍和探馬赤軍。邊境地區由分封或出鎮其地的蒙古宗王所部和土著部族軍配合鎮守。各級軍官一般實行世襲制﹐但朝廷能調動和另行任命。
蒙古人下馬為民上馬為寇，可謂全民皆兵，婦孺老少也各為其軍中親屬提供後勤軍備支持，而後享用劫掠來的財物。
其他族別中被劃為出軍當役的人戶稱軍戶﹐父子相繼﹐世代相襲﹐不准脫籍。蒙古軍､探馬赤軍和漢軍軍戶﹐分別有數量不等的田地可免交地稅﹐一般可免除科差雜役。對上述3種軍戶﹐分別設立專門的管領機構﹐稱為「奧魯」﹐負責監督軍戶出丁當役﹐保證戰時有充足的兵源﹐並要向軍戶徵發其當役親屬所需的錢物。蒙古軍､探馬赤軍的家屬多隨軍遷徙﹐與屯駐地點相隔不遠﹐其「奧魯」隸屬於當役軍人所在的萬戶府､千戶所之下。漢軍出征﹐家在鄉里﹐其「奧魯」由所在州縣管民官兼領。新附軍多未設置「奧魯」﹐軍戶由所在地區管民官與本軍協同治理.
下面說說蒙古軍隊的特點
上面說過蒙古人下馬為民上馬為寇，他們的日常生活就是作戰演習的不斷訓練。這些武士身穿毛皮衣服，外備新馬作為補充，能在極少休息、吃飯的情況下騎馬連續行軍幾天幾夜，他們將『閃電戰『引入13世紀的世界。據說，他們在匈牙利平原作戰時，三天走了270英里。他們用皮袋裝水；皮袋沒有水時，又能充氣在游泳渡河時使用。他們通常靠劫掠為生，然而，如有必要，也喝馬血、馬奶，最後還能殺馬吃肉。從小學到的打獵技術，使他們能控制長距離飛奔的馬群。蒙古人最喜歡的戰術是假裝潰逃，這時，敵人很可能會追擊他們，結果只能是受騙中計、損失不斷、遭到伏擊、乃至全軍覆沒。對輕步兵以戰騎沖潰，對重裝之敵則以輕騎遠弓繞擊至敵方戰陣散亂後再行撲擊。其他戰略戰術還有以利誘之分化敵人而後背信棄義反噬盟友，屠城震懾更是蒙古大軍的不二法寶。
不但馬上蒙古人是屠夫，他們的家人也是直接幫兇，從餵養戰馬到製作戰械，從物質支援到精神激勵，所有蒙古人都是這個劫掠集團不可或缺的組成部分。要把他們區分開來就和聲稱「二戰中日本人民也是受害者，也是反對侵略的。」一樣荒謬。
事實上，貧瘠的荒原，惡劣的氣候，落後的經濟，殘暴的文化，使得蒙古人把提高自己生活水準完全建立在對他人的掠奪和屠殺上。
蒙古人最基本的武器是大型混合弓，這種弓比英國人的長弓更具殺傷力，其穿甲箭能在60o呎內殺死敵人，這是蒙古騎兵使用的一種可怕的武器，他們能在騎馬飛奔時射出所配備的30支箭。其他裝備包括鋼盔、輕便獸皮盔甲、馬刀，有時還有一支帶掛釣的長予和一把釘頭錘。蒙古馬僅在空曠的牧區牧放，漫長的嚴冬裡沒有避寒之地，沒有乾草或穀物作為補充飼科。這雖使得它們體格不很高大，但卻非常能吃苦，且適應性強。『即使今天『，一位權威人士說：『在牧區用套索捕捉一匹蒙古馬，裝上馬鞍，不需要再餵食，能連續騎100多英里，這是常見的事。但第二天就不能再騎這麼遠了，得將它放牧好幾天才行。『這對蒙古人來說不是什麼問題，因為他們戰時備有大批新馬，能按需要連續不斷地換著騎。
十三世紀的蒙古鐵騎擁有當時世界上最先進的戰術、最實用的軍械、最強壯的體魄、最高效的殺人技術、最頑強吃苦的意志、最長久的忍耐、最無道德約束的心態、最殘忍的品性，他們的鐵蹄所到之處，城鎮化為灰燼、文明變成過去、生命失去生氣、人性衰同獸性。;