廣東商人造船需稟報海關，給予紅單以備稽查，故所造船名「紅單船」。這種船體大堅實，行駛快，每艘可安炮二三十門。後來，廣東官員雇募它們用於海防。在太平天國時期，清政府把紅單船武裝調至長江流域鎮壓農民起義，起到了很大的破壞作用。
道光三十年（185o年）十二月，太平天國在廣西桂平起義。咸豐二年（1852年）十二月，克武昌。欽差大臣向榮奏請調廣東水師鎮壓太平軍，清廷命他飛咨兩廣總督葉名琛等調撥應用。[第4冊，p314）三年正月，太平軍離武昌沿江東下。清廷諭兩廣總督葉名琛、廣東巡撫柏貴：「現在贓匪東竄，江防萬分吃緊，已命向榮馳赴江寧迎頭截擊。著葉名琛、柏貴即將該省外海水師拖古戰船並快蟹、大扒等項淒足百隻，多備子藥，遴委水師勇干鎮將大員統帶，星由海道駛抵江寧，聽候該大臣撥用。」[第4冊，p543）
二月，太平軍攻克南京，定為都，改稱天京。清廷諭葉名琛、柏貴迅即選派水陸精兵二三千名，並酌派大員管帶，迅前往江南，以助攻剿。[第5冊，p14）
三月，向榮奏請催廣東水師、上海火輪戰船駛入長江會同陸路進攻。（p223）
當時，伍崇曜正臥病在床，得到通知後，即派親信與英國代辦領事官巴夏禮、英國公使文翰，美國副公使伯駕、公使馬沙利等商雇外國兵船。因為密迪樂已在天京，與太平天國有兩不相犯之約，故沒有結果。葉名琛又命署順德知縣馬映階至陳村雇募紅單船大號船8艘，中號船12艘，配足弁兵、炮械、火藥、鉛丸，由署香山協都司陳國泰管帶，於五月二十一日起程，開往江南。並打算再雇多艘，由署海安營游擊吳全美管帶，陸續起程。所有船價、口糧並添配弁兵一切，即在部撥江南軍需粵海關稅項下動支。吳全美，字碧山，廣東順德人。
六月二十一日，廣東又雇得紅單船大號6艘，中號8艘，除原船水勇照數應募不計外，每船加配水師各營弁兵幫同駕駛，共394名。又添配洋裝大鐵炮94尊，由一千數百斤至六七百斤不等。廣東地方當局撥給火藥五萬斤[第8冊，p129），由吳全美統領起程開往江南。八月，福建巡撫王懿德奏請將吳全美、陳國泰所率船隊暫留廈門十五日，藉以鎮壓該地民眾的起義。[第9冊，p447）九月，王懿德又奏請使陳國泰帶領第一批共2o艘開往江南，吳全美所帶14艘暫緩起程，繼續鎮壓廈門的起義軍。[第1o冊，p2o2）十月，王懿德又奏稱紅單船多有損壞，須修補才能駕駛。清廷令王懿德飭紅單船迅即開行，若須修理，亦著趕緊督辦。[第1o冊，p642）吳全美、陳國泰等於十月二十三日自廈門放洋，開往江南。[第11冊，p86）
十一月，署禮部左侍郎宋晉奏請特諭伍崇曜，迅再添募紅單船百號。雇募之費，伍崇曜如能獨力支付，助成巨功，固屬至善，否則，前太常寺卿龍元僖家業亦優，可協辦此事。令丁憂給事中蘇廷魁督帶，奮力清剿。咸豐帝接受了這項建議。
咸豐四年二月二十九日，葉名琛派紅單船5o艘由廣東放洋，再次開往江南。六月初六日，吳全美等抵吳淞口，上海有截留之意，清廷諭兩江總督怡良、江蘇巡撫吉爾杭阿，命紅單船入江與艇師合隊。二十二日，行抵鎮江焦山，因風逆未能即上。七月初二日，至瓜洲以西，江北大營欽差大臣琦善召吳全美到營，面授機宜。吳全美、陳國泰進攻瓜洲，為紅單船與太平軍之次作戰。吳全美部被向榮調赴上游，陳國泰部泊瓜洲大口以上。閏七月，吳全美等與燕王秦日綱戰於天京三山營江面，俘太平軍大小船26第15冊，p178）接著，又與頂天侯張顯作戰，擊毀太平軍船一二百艘，俘去數十艘，張顯等第15冊，p223）在揚州，陳國泰督飭千總賴鎮海等夜襲瓜洲，未能得手。在太平縣，吳全美擊毀太平軍船百餘艘，俘太平軍第7冊，p343）八月，吳全美等在浦口截擊太平軍運糧船隊，擊沉太平軍船十數艘，總制譚龍才等被俘。[第15冊，p558）向榮對吳全美大加獎賞。揚州大營單銜檄調，吳全美不稟請向榮示遵，即帶船折回浦口。向榮認為吳全美意存退縮，上奏清廷，表示極大不滿。[第7冊，p357）九月，太平軍運糧船隊由天京下關出下駛，吳全美等再次截擊，前後三日內，擊毀太平軍大小船第7冊，p374）十月，陳國泰等截擊太平軍船簰於泗源溝、李家溝，俘船簰2艘，得銅、鐵炮18尊，白米、黃豆9oo余石，春官正丞相黃起芳等陣亡。[第16冊，p57）吳全美等攻毀九洑洲太平軍營盤。[第16冊，p78）十一月，清廷寄諭托明阿、向榮等，命吳全美即率水師上馳蕪湖會剿。[第1冊，p171）向榮因吳全美與葉常春意見不合，互相猜疑，令副將李德麟與葉常春彼此對調，以便與吳全美會合上攻。[第8冊，p4o2）十二月，吳全美等在下關江面擊沉太平軍大船2艘，小船十數隻。紅單船也被打穿幾艘。[第8冊，p4o9）
五年正月，吳全美等在下關擊沉太平軍船7艘，紅單船亦被擊損第17冊，p64）二月，吳全美等又在七里洲與太平軍作戰，燒燬買賣街。燒燬船排三排。[第17冊，p153）三月，升任總兵的吳全美等在下關一帶與太平軍鏖戰多時，斬斷攔江鐵索2道，擊沉、焚燬太平軍船三百數十艘。[第8冊，p447）紅單船被擊沉1艘、擊傷多艘。紅單船隊上駛。至三山營一帶，連日與太平軍作戰，擊沉太平軍船數十艘，燒船廠1座。吳全美對向榮表示，紅單船每年須修艌一二次，自上年春天由粵駛來，年餘未經油艌，船身多為大炮震裂，恐日久滲漏，且僅止4o余艘，為數較少，不可不早籌辦。向榮奏稱上年廣東續調之拖古船3o余艘，紅單船2o艘，派令碣石鎮總兵謝焜統帶，早經奏報起程，迄今未到，請督催趕緊來江助剿。[第8冊，p46o）吳全美等再與太平軍戰於三山江面，焚燬太平軍船2oo余艘，奪獲25艘，炮85門，火藥4ooo余斤，炮彈3ooo余。先鋒陳長順等被俘殺。紅單船被擊沉1艘。經向榮奏准，將吳全美、李德麟交部從優議敘。[第8冊，p466）四月，吳全美等又在上三山與太平軍作戰，燒沉太平軍船不下2oo艘，奪獲16艘，得谷米4o余石、大炮第8冊，p473）吳全美等配合翼長總兵德安指揮之陸軍與太平軍作戰於三山，焚破太平軍營壘3座，毀炮台7座、軍卡1o余處，擊沉船七八十艘，奪獲船22艘、大小炮35門。太平軍陣亡二三千人，遂退往大勝關。[第8冊，p482）吳全美探知銅井太平軍扎造木簰，堆集蘆柴引火之物，遂派4o余艘戰船至銅井，將木簰7只及蘆柴盡行焚燬。五月，在上河口江面擊沉太平軍船6艘。焚燬木焜5只，燒大糧船第8冊，p488）太平軍划船數十艘、大船2o艘由天京運糧下駛至浦口，總兵葉常春令賴鎮海等截擊，划船被擊沉數艘、燒燬多艘，毀大船3艘、擊沉第17冊，p396）六月，吳全美、李德麟所部配合陸軍明安泰、德安等部，連日與太平軍作戰，擊沉太平軍船數百艘，攻陷太平縣及蕪湖，太平軍陣亡第17冊，p4o3，p44o）七月，水師總兵陳國泰配合托明阿部等陸軍進攻瓜洲。守備賴鎮海等在下關擊沉太平軍船多艘、奪獲3艘，得米糧第17冊，p477）八月，吳全美部配合其他清軍攻破蕪湖外援太平軍營壘11座，擊沉太平軍船2o余艘，奪獲米、豆、彈藥、火器船11艘，太平軍陣亡第8冊，p497）九月，攻破弋磯、廣福磯太平軍營壘第8冊，p497）又連日與太平軍作戰，攻破營壘多座。李德麟等在荻港擊沉太平軍船十數艘，奪獲4艘。指揮黃心田等被俘殺。[第8冊，p511）金門鎮總兵陳國泰助江蘇巡撫吉爾杭阿進攻鎮江。[第8冊，p518）十月，太平軍自安慶增援蕪湖，被吳全美等擊沉船1o余艘，奪去大木簰1只、大糧船1艘、稻穀2o第17冊，p64o）此役太平軍的將領為檢點賴桂英。吳全美還指揮把總郭定猷等炮毀柳林太平軍米糧、火藥倉庫1所，攔江奪獲小劃7只、大竹簰1只。總制廖述祖被俘殺。李德麟在繁昌舊縣江面擊沉太平軍船第8冊，p526）十一月，吳全美派把總郭定猷攔江，在蕪湖江面擊沉太平軍船2艘，奪獲1艘，太平天國承宣邱廣升陣亡。[第8冊，p529）陳國泰在鎮江江面奪獲太平軍木筏1只、焚燬1只，並奪獲江船多艘。吉爾杭阿認為陳國泰此仗代價甚小，賞銀四百兩。可見僱用紅單船的經費並非由清政府支出，也不僅是由伍崇曜捐輸，同時還有廣東各縣紳士的捐輸。
咸豐六年正月，吳全美部在東、西梁山江面擊沉太平軍船數艘，焚燬運糧船十餘艘，奪獲2艘。二月，又在裕溪口、四合洲及東、西梁山等處與太平軍作戰，攻擊太平軍營壘四月，秦日綱等敗清軍於鎮江煙墩山，江蘇巡撫吉爾杭阿死亡。太平軍克蕪湖。吳全美部連日與太平軍作戰之後，奉命撤至江寧鎮一帶。[第8冊，p617）五月，翼王石達開、燕王秦日綱等率軍大破江南大營。向榮等退往丹陽。六月，參將李新明在**東溝一帶擊沉太平軍船多艘，太平軍陣亡第18冊，p533）七月，向榮死於丹陽。八月，因東王楊秀清逼天王洪秀全封他為萬歲，洪秀全命北王韋昌輝、燕王秦日綱率部將楊秀清等殺死。清廷以江南提督和春為欽差大臣，督辦江南軍務。陳國泰、黃彬等配合陸軍進攻瓜洲，擊沉太平軍船數艘，攻陷炮台數座。[第18冊，p633）李新明等在**東溝江面奪獲太平軍船第18冊，p635）十月，洪秀全應眾多將士的要求，將韋昌輝殺死。迎石達開回京輔政。安徽巡撫福濟奏稱克復和州，馳援桐城，李德麟部僅有紅單船、快蟹船14艘，上下游不能兼顧。吳全美部紅單船4o余艘停泊蕪湖魯港，請飭紅單船協剿。清廷命和春、德興阿即飭吳全美部聽候福濟調遣。[第19冊，p14）太平軍大木排4架，中裹船隻，隨大小船數十艘渡江圍攻土橋水營，被陳國泰打退。[第19冊，p72）十一月，湖北巡撫胡林翼等陷武漢。陳國泰派兵登岸助攻瓜洲，奪獲大炮2尊、火槍第19冊，p99）十二月，葉常春等在天京七里洲江面擊沉太平軍船數艘，焚燬六七艘，奪獲船2艘、大炮第19冊，p115）陳國泰、賴鎮海等配合陸軍進攻瓜洲。[第19冊，p121）吳全美等在蕪湖江面進攻太平軍運草船、岸上石壘，壘內火藥延燒，軍械焚燬一空，太平軍死傷不計其數。
咸豐七年正月，吳全美指揮郭定猷等擊沉太平軍船1o余艘，奪獲6艘，攻陷雙港，太平軍陣亡四五百人。[第19冊，p184）二月至四月，陳國泰等配合陸軍進攻瓜洲。[第19冊，p245，p326，p354）葉常春等在七里洲江面擊沉太平軍船十數艘，奪獲一艘。攻破九洑洲太平軍營壘第19冊，p356）五月，翼王石達開因天王洪秀全猜忌率所部十萬餘眾離開天京。陳國泰部紅單船戶捐造火船2o艘，向瓜洲大口突入焚燒，從高資來的太平軍米船13艘被燒燬，檢點覃沅被燒死。太平軍陣亡3oo餘人。李新明等在石埠橋登岸，燒太平軍營卡數處，太平軍陣亡數十人。[第19冊，p435）閏五月，李新明等在石埠橋南岸與太平軍作戰，太平軍陣亡數十人。[第19冊，p48o）六月，吳全美部在蕪湖泥汊焚燬太平軍大簰數座，擊沉炮劃數只，奪獲炮劃4只，太平軍陣亡百餘人。七月，吳部擊沉炮劃甚多，奪獲十餘隻，太平軍陣亡四五百人。檢點張大來等被俘殺。[第19冊，p56o）守備賴鎮海等配合張國梁部陸軍進攻高資、鮎魚套，轟倒炮台數座，擊沉炮劃數只。[第19冊，p553）陳國泰等在瓜洲擊毀太平軍大糧船1艘。八月，又擊沉小船第19冊，p592）九月，參將黃彬等在浦口觀音門和天京下關、九洑洲、七里洲江面屢與太平軍作戰，擊沉大樓船數艘、大炮船1艘、船划數只，奪船2艘。十月，賴鎮海等繼續攻擊鮎魚套太平軍。[第19冊，p683）湖廣總督官文、湖北巡撫胡林翼奏稱湘軍水師楊載福等部轉戰1ooo餘裡，克復縣城3座，破壘數十座，至銅陵舊縣峽口面見李德麟。李德麟攻7月之久、懸賞一萬六千金也未能攻破之泥汊，被楊載福一舉攻克。「紅單船向稱勇悍難馴，統帶之員每難調遣。此次目擊楊載福奮勇冠軍，士卒用命，雖桀驁性成，亦為心折，將來大軍整旅東征，必能和衷共濟，尤為軍營緊要關鍵」[第2o冊，p25）十一月，陳國泰等配合陸軍攻陷瓜洲，擊沉太平軍大船數艘、划船多只，奪船3o余艘、大炮26尊、炮子第2o冊，p54）黃彬等擊沉太平軍船2艘，奪獲2艘，得米2o余石、炮2尊、火藥3oo余斤、炮彈5oo余斤。攻破燕子磯營壘一座，將領陳恩書陣亡。李新明等奪獲划船4只、火藥2oo余斤、炮彈34o顆、大炮3尊、抬炮42尊、米十餘石，攻破石埠橋營壘第2o冊，p66）賴鎮海等焚燬太平軍船數艘，奪獲大船4艘、划船8只、銅炮18尊，攻破鮎魚套營壘多座。[第2o冊，p73）十二月，陳國泰等進攻七里洲、下關、九洑洲一帶，擊毀太平軍營卡、望樓數處，太平軍傷亡甚多。[第2o冊，p119）都司賴鎮海等在七里洲江面擊沉太平軍木簰2只、船數艘，太平軍陣亡數百人。[第2o冊，p142）
咸豐八年正月，陳國泰、賴鎮海等在七里洲、下關江面擊沉太平軍船數艘，太平軍陣亡者為數不少。十一月，吳全美部與陸軍配合在蕪湖魯港一帶攻陷太平軍營壘多處。[第21冊，p1o5）十二月，李德麟部在桐城六百尺江面擊沉太平軍船2o余艘。
咸豐九年正月，吳全美部在蕪湖江面奪獲太平軍船第21冊，p148）鎮守江浦的答天豫薛之元降清，太平軍出師討伐。和春派賴鎮海救援解圍，李昭壽入城受降。（p423）二月，欽差大臣、蒙古都統德興阿被革職。江北軍務由和春節制，以寧古塔副都統富明阿幫辦軍務。五月，浙江定海鎮總兵李德麟部在無為泥口擊沉太平軍划船2o余只，奪獲7只。攻破毛坦等處太平軍營壘多座，太平軍陣亡四五百人，損失彈藥5oo余斤，米麥4o余石。吳全美部在陳家洲與太平軍作戰[第21冊，p4o5），擊沉太平軍划船第21冊，p422）六月，吳全美部在魯港擊沉太平軍划船2只。七月，賴鎮海等在三山、烏江一帶擊沉、奪獲太平軍船多艘，獲米糧一千數百石。陳國泰部在浦口擊毀太平軍卡樓數座。[第21冊，p48o）吳全美等在三山江面擊沉太平軍船1o余艘，奪獲3艘。八月，賴鎮海等在和州江面奪獲太平軍船4艘、稻穀第21冊，p531）九月，吳全美部攻破蕪湖橫山、峨橋等地的太平軍營壘。[第21冊，p586）李德麟部在大通江面擊沉太平軍船1o余艘，奪獲3艘，炮3尊。信天福鍾廷才等被俘殺。[第21冊，p633）十月，水師游擊賴鎮海等在東西梁山擊沉太平軍船第21冊，p643）李德麟部接應韋志俊在池州叛變。[第21冊，p678）十一月，水師游擊郭定猷等在和州攻破太平軍營卡兩座。十二月，又在金柱關擊沉太平軍船多艘，奪獲第22冊，p6）咸豐十年正月，陳國泰、黃彬、賴鎮海、郭定猷、李新明等配合陸軍攻陷九洑洲。太平軍陣亡1oo第22冊，p1o）清廷賞給黃彬、賴鎮海、郭定猷勇號，李新明升副將，加總兵銜。[第22冊，p16）天京再次被圍困。洪秀全召上游太平軍來救。二月，陳國泰等配合陸軍攻陷上關、下關營壘多座，奪獲船六七十艘，大炮一百數十尊，秦禮國等太平軍降者第22冊，p4o）閏三月，忠王李秀成、英王陳玉成等大破江南大營，張國梁死於丹陽。吳全美率部破蕪湖對岸營壘，守將陳芸桂投降。四月，和春死於無錫。清廷命荊州將軍都興阿督辦江北軍務；命福建提督李若珠嚴防江面，勿使太平軍北渡；又以曾國藩署兩江總督。李若珠奏准將吳全美部船2oo余艘調駐狼山、福山。陳國泰等在東溝擊沉太平軍船3艘，奪獲快劃第22冊，p334）倪在田記載：「水師呼餉不復應，終歲才得四月食，乃自立厘卡食其軍……部將郭定猷、李新明先與賊目相酬應（皆東粵產，又只一江隔之）……冒私販物，遠至九江、湖北，近餉金陵之賊。」[第5冊，p131）七月，清廷加給黃彬提督銜，命他統帶鎮江、揚州一帶水師船隊。九月，賴鎮海、李新明等在丹徒江面奪獲太平軍船8o余艘、糧米3ooo余斤、火藥46o余斤、鉛彈第22冊，p547）黃彬、郭定猷部與團練陷江陰。十二月，清廷命黃彬幫辦都興阿江北軍務。
咸豐十一年正月，都興阿奏稱：「其水師正餉，本由江南糧台支應，吳全美、李德麟勇糧各項歸江北糧台動支。」（卷二五八）三月，都興阿奏稱：鎮江、揚州之紅單船、拖罾船均由廣東調來，近多損壞，修復無款可籌，請飭兩廣總督迅調紅單船等4o艘至長江。清廷諭勞崇光辦理。（卷二六一）六月，清廷以吳全美統領鎮江至江陰一帶水師。（卷二六七）八月，曾國荃陷安慶。
同治元年（1862年）二月，馮子材等奏准由廣東每月添撥水師餉銀二萬兩。（卷二九四）三月，李鴻章率淮軍抵上海，署江蘇巡撫。曾國藩奏准在韶關收取釐金以濟湘軍軍餉，「並抵廣東省應解紅單艇船經費」（卷二九八）。四月，勞崇光復奏，已派守備李榮升、黃聯開赴各港口招集紅單船1o余艘，招募壯勇，在三月以內可募足4o艘，配足炮械、米糧後放洋。（卷二九九）五月，湘軍水師配合曾國荃部進逼天京。廣東巡撫耆齡奏奉旨赴閩援浙，雇募紅單船1o艘，購洋炮86尊，募水勇配駕。（卷三o五）六月，李鴻章在給曾國藩的信中寫道：「紅單水師各將，惟吳全美尚能打仗，黃彬貪劣，李德麟騷擾，皆與馮日坤相等。」七月，李鴻章在給曾國藩的信中又說：「至續調紅單四十船，都公為黃彬所而奏請者，喬都轉及南、北台、鎮江金守皆有密函求鴻章咨商截止，此豈一咨所能允從，俗借大力去後日無窮之患，但使新船不來，現各部舊船俱朽壞不能動，勇數亦虛，翦除尚易。」李鴻章又奏稱：「上年都興阿、黃彬請調廣東紅單船四十號，所需餉項，現實無款可籌。查水師各幫內原雇紅單船七十七隻，兼之大洋艦、快蟹、拖罾各項戰船，共三百餘號，目下縱有抽減，如以船身稍舊者碇泊駐防，以其堅固者出江堵擊，似尚足敷調撥。應請飭令都興阿、黃彬及廣東督撫臣將前調紅單等船四十號即行停止，如已報起程，無論駛至何處，即令折回，毋庸來江，以節糜費。」於是，清廷出上諭：「紅單水勇多系粵省亡命之徒，與粵匪難免熟悉勾通，前此江南用之，有害無利，當此軍情得手，大局已有轉機……都興阿……著查看情形，如前次奏調紅單等船四十號可以毋須來江，即著迅奏請停止，一面行文廣東督撫截追回粵。」（卷三一五）勞崇光雇募之紅單船36艘放洋開往揚州。
八月，勞崇光奏稱：遵旨雇紅單戰船四十號，派游擊黃聯開等管帶，風毀四號，配以炮火器械、官弁三十六員，柁工、炮手、水勇一千六百五十六名，於七月二十五日起碇赴都興阿軍營。於是，清廷又上諭：既經駛入長江，無再令折回之理，命黃彬嚴加約束，如不得力，酌情撤回。（卷三一九）李鴻章覆信給喬松年道：「水師弁勇販賣米、藥濟賊，中外共聞，該管鎮將如肯實力諭禁，即不能御賊，或不至勾賊也。新調紅單船四十號，昨准都帥咨復，業准停調……似都公尚有意整頓，未盡為人蒙蔽。李新明、沈振廷聲名極壞……吾丈能否為都帥密陳汰遣以除民害而儆其餘，如滬將馮日坤通賊擾民……密旨飭……傳旨……業已遵照懲辦。……吳碧珊移防通海下游，亦較得力。」李鴻章在給曾國藩的信中又寫道：「黃彬實非善類，都公始為護庇，近緣廷旨飭查，似稍覺察，然未能去之。喬都轉續函謂若將下游水師總統奏歸楊軍門，則水營必易整飭。」都興阿奏稱：各幫大小炮船僅二百八十六隻，上自浦口，下至狼、福山，分防六百餘里。擬停調廣東師船，在湖北造船募勇。清廷上諭：廣東紅單船三十六艘，勢難再令折回。（卷三二二）九月，紅單船36艘到上海，李鴻章截之使回，不聽，逕赴都興阿、黃彬兩處。李鴻章認為「黃彬欲添羽翼，豈肯放回」。游擊黃聯開帶勇字船18艘、都司李榮升帶仁字船18艘共36艘在都興阿處報到。（卷三二六）十月，漕運總督吳棠、署道趙炳麟、糧台喬松年、淮揚水師統領黃昌歧皆向李鴻章推薦吳全美取代黃彬。吳全美也寫信給李鴻章，說紅單船虛糜月餉，無裨實用，應加以整頓；都興阿改造長龍、炮劃，捕殺都司劉大彰，皆黃主謀。李鴻章向曾國藩表示：「暫留粵船即不得不用粵人。」十一月，李鴻章奏參黃彬專以設卡網利為事，又攔劫商民，焚燬村莊，擄殺難民，捏報勝仗。廣勇獷悍，非粵人不能駕馭，請將黃彬革職，令吳全美接統師船，仍歸曾國藩、都興阿節制。應將舊船裁撤。沿江釐金，可派員稽收，均勻攤放，不准泊防師船分段把持，任意提用。於是，清廷將黃彬革職，交曾國藩查辦，由吳全美統領水師。（卷三二七）
同治二年正月，都興阿奏稱各幫師船亟應裁撤，而欠餉甚多，紅單船船價、勇糧有欠至二十餘月、三十餘月者，既裁撤，必應補給，舊欠應由糧台造冊，咨交兩廣總督補，並先由江蘇巡撫籌給一月口糧作為盤纏回粵。擬派參將李新明督同廣東師船回粵。請派總兵陳國泰統帶回粵。清廷准行。（卷三三二）三月，護王陳坤書率部自天京七里洲北渡，被吳全美等所敗。四月，李鴻章在給曾國藩的信中寫道：「奉旨飭查大江水師一案……緣吳全美接統後江面漸覺肅靜，郭定猷、張瀚等現仍分防，未便追究既往。陳國泰所部濟賊多年，茲已遣撤回粵，應予薄懲。泊鎮年老勒休，似亦可塞眾望。江防吃重之時，無船可替，既用其人，不得不量從末減。且水師借口餉缺，營規實難深求。」五月，湘軍水師陷九洑洲，守軍2萬人陣亡。八月，都興阿、富明阿奏稱：「總兵吳全美自軍興以來，久帶水師，轉戰江南、江北，疊著戰功，營規整肅，大小將弁，無不畏服……聯絡調度一切均合機宜。」九月，曾國藩奏稱：「本年三月，有人見黃彬在船宴客，聞即粵逆渠魁。五月內石埠橋甫經投誠之賊在儀征縣楊鍾琛公寓宴飲，門外擁進多人，詢系黃彬水勇來尋賊目索取米賬。並有接濟賊米之船經民團查獲，該鎮輒藉詞搶案懲辦民團。」同治三年四月，清廷調都興阿為西安將軍，以富明阿為江寧將軍。富明阿奏稱：「江防各幫師船隨征十餘年，身經百餘戰，巡防堵截，力保完善……師船一律議裁，似與凱旋無異，可否由臣擇尤請獎以示鼓勵之處，出自鴻慈。」清廷命「著照所議辦理」（卷三七四）。五月，以吳全美為福建水師提督。六月，曾國荃攻陷天京，太平天國政權結束。七月，富明阿奏稱：金陵克復，紅單船二十五隻，作為頭批，令提督賴鎮海管帶回粵。二批派副將林宜華管帶回粵。三批統由提督吳全美統帶回粵。（卷三八五）八月，富明阿奏稱：吳全美稟：紅單船自咸豐三四年間先後奉調出師，由粵而閩而江，十有餘年，轉戰三省，茲幸金陵克復，各船遣散，官弁兵勇，共慶生還，而追念死事諸人，未忍聽其湮沒，擬捐資在廣東順德建立忠義祠，歷年傷亡官兵均准入祀。清廷同意。（卷三九o）十二月，清廷因徐宗干奏請，命福建水師提督吳全美迅赴任。（卷三九九）吳全美請假三個月回籍修墓。清廷准許。（卷四oo）
同治四年四月，閩浙總督左宗棠命吳全美帶所雇紅單船2o艘、拖罾船2o艘駛赴銅山，阻截侍王李世賢部出海。（卷四o四）閏五月，李世賢部失敗，左宗棠派吳全美部巡海。五年五月，吳全美因病開缺。光緒八年（1882年），吳全美督建鵝頸炮台，命名定洋。又修復沙角炮台，抵抗法國侵略。吳病死於光緒十一年。綜上所述，可見紅單船是廣東民間經營對外貿易的大貨船，為了對付海盜的侵襲，裝備有火力強大的槍炮。在太平天國時期，清政府僱傭這些船隻，配備水師軍官以鎮壓農民起義，經費由廣東省籌措，基本上由各縣紳士捐輸。紅單船武裝先後在福建、江蘇、安徽等省與農民起義軍作戰，擊毀太平軍船隻以千計，殺傷太平軍以萬計，奪獲軍火、糧食等物資數量驚人，給太平天國帶來了嚴重的傷害。由於其月餉不能及時供給，於是私設關卡，抽收釐金自給，進而與太平軍貿易自肥。又搶劫商旅，殺害民眾，虛報戰功以求封賞。終於為人揭，被陸續裁撤。紅單船問題是太平天國史上很值得研究的課題.
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