古代的蒙古人最早信仰薩滿教。薩滿教崇拜神靈，把世界分為三種：天堂在上,諸神居之；地為之中,人類居之；地獄在下，惡魔居之。而掌教的巫師則宣稱自己集萬能於一身，除了能役使鬼魅為人祛除災難外，還能佔卜吉凶，預言禍福。他主持傳統儀式，代氏族成員求兒、求女、求五穀豐登、人畜兩旺，為氏族成員治病等。在早期，則參與解決部落的重大疑難問題，直至決定首領的繼承，戰爭與和平等。成吉思汗就曾設置「別乞」,專門管理薩滿事務。
17世紀以後黃教雖然傳入蒙古地區，但薩滿教的遺跡在蒙古人的生活中仍然保存著，主要表現在以下幾個方面:
祭天:祭騰格裡是各種祭祀活動中最重要的一種，在山丘等高處立木頭或石堆等標記，以此代表「騰格裡」。在每年春秋兩季進行祭祀。立標的山丘被視作禁地，這是蒙古人中最普遍的祭天形式。祭天分紅祭與白祭。紅祭時用整羊或羊的心臟。隨著黃教的廣泛傳播，紅祭逐漸被廢除，改為白祭。白祭主要指的是以酒和奶製品來祭祀。此外，祭天時指定一隻羊為「供品」，但不把它宰殺，給戴上「色得爾」後給天磕頭。戴「色得爾」的羊是神聖的，是騰格裡的財產，任何人不得冒犯，不得宰殺，直至它自然死去。
祭地:祭地也是蒙古人自然崇拜的一種。蒙古人有「天父地母」之說,認為大地上有名的山川和奇特的草木都有自己的主神。蒙古人把鮮奶和奶酒每天早晨酹向所在地的山巔，表示致祭。蒙古人非常崇敬具有奇特形狀和顏色的山崖、丘陵山及溫泉，認為那裡有精靈居住，因此祭祀它們的同時,又禁止人們在那裡砍柴，殺生和動土。
祭敖包:這是蒙古民間最普遍的一種祭祀活動。敖包是草原上習見的供人祭祀的山堆,頂上要插柳枝為叢，立竿為柱。「壘石成山」,「視之為神」，它是山神、地神及遊牧民族保護神的化身，是薩滿教原始崇拜的典型。祭祀時間一般在農曆5-7月,祭禮儀式一般由扎薩克喇嘛、王公貴族主持。喇嘛要焚香頌經。而每一過路人都在敖包上面放石子或隨手拾到的東西，同時乞靈於被假想在那裡的神。過路人邊禱告放石敖包上面，邊伸手向前乞求保佑一路旅行平安。
祭火:祭火也是蒙古族最古老的祭典之一。在新疆蒙古人的日常生活中至今還保留著一些遺跡。在節日喜慶、婚喪大事上祭天、祭地之一就要祭火。點燈節就是祭火的一種表現，是典型的黃教活動中滲合著薩滿教遺跡的表現。
「薩滿」一詞源自通古斯語jdamman，意指興奮的人、激動的人或壯烈的人，為薩滿教巫師即跳神之人的專稱，也被理解為這些氏族中薩滿之神的代理人和化身。薩滿一般分為職業薩滿和家庭薩滿，前者為整個部落、村或屯之薩滿教的首領，負責全族跳神活動；後者則是家庭中的女成員，主持家庭跳神活動。薩滿，被稱為神與人之間的中介者。他可以將人的祈求、願望轉達給神，也可以將神的意志傳達給人。薩滿企圖以各種精神方式掌握超級生命形態的秘密和能力，獲取這些秘密和神靈力量是薩滿的一種生命實踐內容。
明代蒙古人的宗教信仰新舊並存並且複雜多樣，既有古老的圖騰崇拜，又有原始的薩滿教；既有蒙元時代頗為流行的景教信仰，又有西域回回人信奉的伊斯蘭教。至於蒙古人在16世紀末葉第二次改宗，引進藏傳佛教新興的一支格魯派黃教後，黃教成為明代蒙古人的主要宗教信仰。
一、馬兒古兒吉思可汗的景教信仰及相關事跡
北元蒙古大汗兀客克圖合罕馬兒古兒吉思，太鬆可汗脫脫不花之幼子。馬兒古兒吉思，明代漢籍又譯作麻兒可兒、馬兒可兒吉思、麥兒苦兒吉思、馬兒苦兒吉思、馬可古兒吉思等。薩岡徹辰《蒙古源流》中說，這位可汗名來自佚名《黃史》。keg-tu，意為「坐在馱箱裡的」，因年齡幼小當出征時放在馱箱裡而出名。明朝人從這位可汗開始稱年幼的蒙古大汗為「小王子」。
關於馬兒古兒吉思這個蒙古可汗的名字，日本學者岡田英弘早已指出：「其名即敘利亞語『聖喬治』之謂也。敘利亞語為景教之公用語。由此可證該教之遺脈於十五世紀尚存於蒙古。」1
楊紹猷先生說：「景教也沒有在蒙古絕跡，馬可古兒吉思的得名亦與景教有關。」2烏蘭援引法國漢學大師、大蒙古學家伯希和的結論，進一步解釋說：「margurgis，來源於敘利亞語，mar是聶斯脫裡派基督教教職名，gurgis原音為giwargis，轉為突厥語和蒙古語的krgus或grgus，再轉為kurgis或gurgis。」3
馬兒古兒吉思可汗是北元蒙古大汗中惟一一位信仰景教4的人。這說明元朝滅亡後，在退回到草原的蒙古人中，仍然有人在信奉景教。兩《黃金史》對這位大汗的事跡記載很簡略。佚名《黃史》說，瓦剌的首領也先因內訌死後，太鬆可汗的小哈屯薩睦爾太后擁立他即位，後被成吉思汗之弟哈赤溫後裔多豁郎台吉所弒殺。薩岡徹辰《蒙古源流》此段內容基本上來自佚名《黃史》，但說多豁郎台吉為umed之人，即相當於漢籍的多羅土蠻部人。此人即明代漢籍的瘸太子或瘸王子。
據《明實錄》載，馬兒古兒吉思可汗在位12年，即從明景泰六年到成化二年。據17世紀蒙古文史書，他是由哈剌嗔部的孛來太師擁立的。據明代漢籍可知，孛來殺死瓦剌強酋阿剌知院之後自任太師，並擁立馬兒古兒吉思為可汗。他與另一位東蒙古的強臣別裡古台後裔毛裡孩王相爭，把持馬兒古兒吉思可汗時期的朝政長達10年之久。他在明成化元年十一月為毛裡孩王所殺。5
兩《黃金史》所記馬兒古兒吉思可汗的在位年與《明實錄》的記載出入不大。6佚名《黃史》、薩岡徹辰《蒙古源流》所說他被多豁郎台吉所殺與明代漢籍中所記他為孛來、瘸太子二人所害相符。
二、瓦剌異姓貴族的伊斯蘭化
17世紀蒙古文史書中記載的巴禿剌丞相，蒙古學界一般認為即明代漢籍中記載的馬哈木，而阿速惕人阿魯台太師，即明代漢籍中記載的東蒙古強臣阿魯台；阿台可汗即明代漢籍中記載的阿台。蒙古文史書又說，巴禿剌丞相之子為巴黑木。烏蘭在其《〈蒙古源流〉研究》一書中指出，霍渥斯、和田清、伯希和等多數學者都認為巴黑木即馬哈木的同音異譯，而《蒙古源流》誤為馬哈木之子脫歡的原名。7
蒙古文史書還記載了也先、太鬆可汗手下的不少大頭目。如阿剌帖木兒丞相、阿卜都拉·徹辰、阿把巴乞兒·大同等等。
蒙古文史書以神話故事的形式記載了瓦剌首領也先與太鬆可汗交戰前雙方對峙的陣容，提到了不少重要人物。8這些人物並非虛構，歷史上確有其人，這一點蒙、漢文史書能夠相印證。著名蒙古學家伯希和較早注意到蒙古文史書所提的一些瓦剌人名，談到sadula和abdulaseen等人，並指出《蒙古源流》的abdulaseen是穆斯林人名，應寫作阿卜都拉·徹辰。9
這裡seen是蒙古語，意為聰明、智慧，而阿卜都拉即阿拉伯語abdallah或abdullah，一般音譯作阿卜杜拉，系伊斯蘭教徒常用男性經名，意為「真主之僕」。值得一提的是，元代文獻史料也常見此名，按元代譯音慣例，此名多作「阿都剌」或「暗都剌」。瓦剌的異姓貴族權臣也先，就是借助這位阿卜都拉·徹辰的出謀劃策，挑撥太鬆可汗與阿黑巴兒只吉囊兩人的關係，因而打敗了太鬆可汗並誘殺了阿黑巴兒只吉囊。這樣也先為篡奪蒙古大汗的寶座掃清了障礙。
寶音德力根據《明實錄》所記受到明廷賞賜的脫脫不花可汗和瓦剌首領也先所部的人員名單，對這些人物做了一些考訂。其中esentayii即也先太師；alaγtemur即明代漢籍中記載的阿剌知院；abdura，在佚名《黃史》中作abdula，姓帖良兀惕或帖良兀思氏，此人當即《明英宗實錄》正統四年正月名單中的「大夫阿都剌」；sadula就是明正統四年正月名單中的「平章撒都拉」，十年正月名單中的「大夫撒都剌」，此名也是伊斯蘭教徒常用男性經名；idaitong應指一個人，其中daitong與大同對音完全相符，是職官名「大同王」的省略，而朱風、賈敬顏譯《漢譯蒙古黃金史綱》則將其譯為「阿巴布爾吉、泰東」，顯然把「大同王」的「大同」，即daitong這個職官名誤為人名，這樣把大同王阿把巴乞兒一個人誤為阿巴布爾吉、泰東兩個人名。(11)