然而，幾乎在伽伽城陷落的同時，宋軍薛禮軍出動了。禁軍11、21、22、24四個師早已運動至鴨綠江南岸或海上戰船之上，四箭齊發，11師從陸路拿下平壤城；22師在南海艦隊配合下，自海路登陸，攻破開京；21師在北海艦隊配合下，自海上入漢江，攻佔楊州城；在宋軍強大的攻城炮火和其他軍械面前，幾座高麗破城又算得了什麼呢？24師則從高麗半島東部一路攻擊南下。邊軍217旅和工兵615旅也隨後南下，綏靖地方修築道路。
正在伽伽任那與日軍殊死決戰的高麗王王運接到宋軍出動的消息，急忙留下少數軍兵牽制日軍，自己率剩下的十五萬主力掉頭北行，急奔楊州和開京，到了楊州（漢城）發現已被宋軍佔領，留下五萬軍兵，率十萬兵馬再奔開京（開城），又是已被宋軍佔領。
王運一面在城外組織各地武裝勤王，準備攻城，一面派出使臣，入城責問宋軍。
薛禮軍軍部和22師一起在開京，陳吊眼和陳道銘給高麗王的回復是：「大宋只是要求高麗與蒙古韃子絕交，清除境內蒙古人，並未允許王運攻擊日軍。日本乃大宋抗元同盟，高麗攻打日軍就是攻打大宋盟軍，所以宋軍必須予以打擊。另外高麗多年追隨蒙古韃子，造成大宋巨大損失，宋軍也是來討要賠償的。」
王運聽到使臣轉達的宋軍回復，想起就是這個使臣上次害得自己受騙以為宋軍不會攻入高麗，一怒之下揮刀將使臣斬了，立即下令攻城。
那高麗軍不論是軍兵戰力還是軍械武器，連蒙元漢奸軍都不如，又如何能是百戰雄師宋軍的對手，攻了幾天城，自己這邊已經損失了二萬多人馬，卻連城頭都不曾碰到過。好歹各地又有一些高麗武裝前來，算是補充了損失。
奪取平壤的11師留下一個旅駐守，主力登上北海艦隊南下，祥興十四年七月，抵達楊州城外，與城內的21師裡應外合大破高麗軍，接著合兵一處，偏軍南下奪地，主力北上開京，此時24師一部也已經攻到開城以東。
開京，宋軍城裡城外總共六萬多人，向王運的十萬高麗軍發動總攻，不過兩個時辰，高麗軍潰敗，多數非死即俘。
王運帶著親信軍兵狼狽逃串，又到了江華島。這江華島位於開京西南楊州西北的海上，距離兩城都差不多百里，是高麗王族的傳統避難地，當年蒙古軍佔領高麗，高麗王就曾逃到江華島上苟延了好一陣子。
不過這回王運的運氣到頭了，南海艦隊副都統韓無雙帶著陸戰團早就埋伏在島上，王運和他的妻妾子女親屬一百多人被一網打盡。宋軍逼著王運發詔要求全高麗軍民向宋軍投降，服從宋軍管制。然後將他們趕上船，運往遼陽監禁.
再說北條貞時，為了不放過這個機會，不得不同意了幾個九州領主近乎獨立自治的要求，才換得數萬九州援兵，之後，日軍擊潰了王運留下牽制的數萬高麗兵後，恢復任那伽伽兩地，接著北上一路向慶州，一路向楊州。結果慶州倒是奪回了，楊州（漢城）那路還沒到楊州以南三百里的公州（唐熊津都護府）就被宋軍擋住了去路。
宋軍聲稱此地早為宋軍所佔，按照宋倭早先的協議，高麗島上宋倭兩軍先到先得。雙方就應以此劃分佔領區分界，並以此向東西延伸。這可比我前世的三八線要往南了許多，差不多快到三六線了。
北條貞時非常惱怒，耗費無數卻為宋軍做了嫁衣，自己最後只佔領了高麗半島的三成土地。可他沒有實力和膽量去挑戰宋軍，特別是當他得知宋軍火炮威力之後，只得忍氣吞聲，將火撒到高麗人身上。
此時的高麗人可謂是夠倒霉的，不論實在宋軍控制的北部中部地區，還是在日軍佔領的南部區域，兩軍都對高麗人實施了殘酷的劫掠和壓搾。北條貞時這麼做自然是為了搾取更多油水來滿足對武士和軍兵的恩賞，免得他們今後又加入倒幕陣營。宋軍這麼做，主要是為了將高麗人驅逐，騰出土地來給來自宋境的移民，當然搶到的財物軍兵有積分，移民可得益。
宋軍與日軍土地分贓完畢後，開始對控制區域內「清鄉」，一面到處張貼王運被逼發出的降宋詔綠色∷小說式搜查。將所有原住民逐一審查，還是老方一貼，四項基本原則：
一殺，這個比較簡單，就是殺掉反抗者。宋軍屠刀之下，數萬頭顱落地。
二甄，就是能說漢話寫漢字，或能拿出華夏族譜，或有功於宋軍，可定為順族和朋族留居高麗，也可被送往大宋內地定居，如此倒也有十來萬人過關，畢竟高麗的頭二個王朝立國者皆來自華夏，一為箕子二為衛滿，他們及部屬的後人都留在了高麗，之後又有一些漢人跨海而來。其中定為朋族的可留居高麗與內地新移民混居，定為順族的被遣送大宋內地定居。
三抓，這個比較複雜。首先是將青壯男子抓捕，海運往大陸補充各路死亡率甚高的俘虜勞改隊，前後抓了高麗軍俘虜十幾萬，加上後來清鄉所抓，總共為全國十六個路的俘虜勞改營補充了二十來萬的勞動力；其次是未婚年輕年少女子若是身高在六尺二寸（1.55m）之上的，抓起來送入感化院為宋軍紡織，每年由傷殘退役軍兵到感化院挑選滿14歲的女子為妻妾，或配給新移民為妻妾，這也有數萬人；三者是相貌身高尚可的年輕婦人，抓起來送入頌恩院為宋軍紡織，勞改刑滿的原蒙元漢人偽軍的俘虜一般被安置在新拓土地，這些年輕婦人或配給他們，或配給新移民，共有十幾萬（為監控感化院和頌恩院，兵部專門成立了351，352，353，354四個府軍女兵團。）；四者就是再差點的婦人，送入勞軍院為軍妓；最後是兒童，女的全部送入感化院，年滿八歲就開始為宋軍紡織，男的送入頌恩院，年滿六歲就得幹活，滿十歲就送俘虜勞改營去。
四驅，就是對那些老弱之類派不上用場的向南部驅趕，跑得過去算他們運氣好，累死病死餓死被殺死跑不過去的算他們倒霉。」
高麗北部多山，清鄉搞了一年多才完全結束，期間為了驅趕躲進山裡的高麗人，連山林都被宋軍燒掉了好多座.
相比於宋軍，日軍對高麗人倒沒有那麼排斥，畢竟多個人就多個被日軍盤剝的，再說日本本土也沒有多少人願意到高麗來。而北條貞時連武士和軍兵的恩賞都湊不夠，哪會要拿出實惠來鼓勵日本百姓移民高麗呢？
於是北部許多高麗人跋山涉水，向南逃亡，一路上風餐露宿病蟲襲擾，倒下的不計其數。最後在南部日軍佔領區還是集中了近百萬高麗人，而北部中部宋軍佔領區，除了數萬被定為朋族順族的和數萬被婚配給新移民的年輕女子，其他的高麗原著民或死或逃或被移至大宋內地。
大宋不斷開拓新地，移民不斷，雖說有許多鼓勵政策，像高麗境內，免稅八年，但移民人數還是趕不上拓地速度。二年後，商箕半島（宋庭將高麗半島改稱商箕半島，以紀念半島上第一個立國者商末箕子。）上新移民人數還只有二十來萬，加上三四萬留下的朋族，二三萬配給新移民的原著民女子，總共三十萬不到。多數集中在鴨綠江沿岸和中南部平原丘陵地帶，畢竟北部多山不易生產。
雖然宋軍控制區域裡人少地多，但南部日軍控制區內的高麗人並不敢過境討生活，一旦被宋軍或移民民兵發現，男的送勞改營，女的送勞軍院、頌恩院和感化院。（這勞軍院、頌恩院和感化院還是有很大區別的，勞軍院就是軍中妓院，軍兵可憑戰功和繳獲換得的軍用積分券（退役時積分券可換取土地或現金鈔票）去享受，也可直接用軍餉鈔票；感化院則集中了未婚女子為宋軍紡織，每年由傷殘退役軍兵到感化院挑選滿14歲的女子為妻妾，或配給新移民為妻妾；頌恩院則是年輕婦人，可配給刑滿的原蒙元漢人偽軍的俘虜或新移民。）
清鄉後期，薛禮軍輕閒了一些。閒著也是閒著，一些宋軍就打起了南部日軍控制區域內高麗人的主意，常以抓逃犯為名，深入南部抓人送給勞改營勞軍院、頌恩院和感化院。搞得靠近宋軍控制區的高麗百姓紛紛南移，避開這些瘟神。宋軍也因此與日軍發生了多次小規模衝突，為後來的第一次宋日戰爭埋下了火種。;