祥興十三年十月，大宋再次重整軍制。
兵部正副部長是鄭虎臣上將和方川德上將，參謀司由潘舍人和陳道銘分任中將司長和准將副司長；政宣司由潘龍和陳勵華分任中將司長和准將副司長；後勤司司長由原青龍軍副軍長許漢升中將擔任（原司長許夫人中將調樞密院任太尉）；軍情司由周海生任准將司長；軍械司由李春生任正五品司長，譚小三任副六品副司長。
大宋禁軍的主要組成是青龍白虎朱雀玄武四軍，每軍三個師加些軍直屬部隊共約十萬人。隨著北方的收復，宋庭治下的國土成倍增加，各師駐紮地距離上拉開了，而軍械的改善和增加也使師這個作戰單位的戰鬥力有了相當的提高。
朝廷和兵部指揮部隊越來越多地到師級旅級單位，通過軍一級往往只是走過場，還容易耽誤時間。
經過慎重考慮，我決定在適當擴軍的同時，取消常設軍一級單位，今後兵部將直接管理禁軍師一級單位，邊軍、廂軍、和工兵將以旅為最高常設建制單位。在戰事需要時臨時成立「軍」級單位協調指揮參戰師旅，戰事結束後該「軍」就結束使命。軍長這個職務也將取消，臨時性的「軍」將由臨時任命的「指揮使」指揮。不過各師還是繼續沿用以前的青龍白虎朱雀玄武四軍軍旗。
其實取消常設「軍」建制我還有一個隱藏的原因。我本人對宋軍的控制力那是沒說的，因為宋軍的發展壯大重大戰役都是我親自指揮的，而且我又是黃埔軍校及其各分校的校長。但今後呢，若是我不在了或是不管了，現下軍制下的「軍」級部隊實力太強了，若是某個軍出現嚴重問題，後果就不堪設想。
取消常設軍級建制後，原玄武軍軍長鄭虎臣改任任兵部部長；原朱雀軍軍長馬南寶改任黃埔軍校（廣州本部）副校長；原白虎軍軍長陳吊眼原本被安排退役到樞密院當太尉，他跑到我跟前，死皮賴臉地要求繼續在軍中，說哪怕當個小兵也樂意，就是不想去樞密院享清福，無奈，讓他當了個師長；最近戰果有限異常鬱悶的張達見陳吊眼討得差事，有樣學樣，也弄了師長當當，一定要正兒八經立些大功才覺得有臉退休。陳吊眼和張達兩人成了大宋禁軍中僅有的以上將銜任師長的高級軍官，當然這肯定是短期的.
禁軍各級單位的組成結構基本不變啊：
班：共12人，設正副班長
排：三個班，正副排長，通訊員一人，共計39人。
連：三個排，一個特務班（含斥候、炊事、醫療、物資、通傳），正副連長，警衛一人，共計132人。
營：三個連，一個特務排（含斥候、炊事、醫療、物資、通傳），正副營長，二名警衛員，共約440人。
團：三個營，一個騎兵連，一個炮連，一個工兵連，一個特戰連，一個特務連（含團醫所、斥候、炊事、物資、通傳），正副團長，團監，團參，警衛班。共約2000人。
旅：三個團，一個加強特務營（含旅醫所、斥候、炊事、物資、通傳、特戰、炮連、工兵連），正副旅長，旅監，旅參，警衛排。共約6600人。
師：三個旅，一個騎兵團，一個炮團，一個工兵團，一個特戰團，一個特務團（含師醫院、斥候、炊事、物資、通傳等），正副師長，正副師監，正副師參，參謀數人等，警衛連。共約三萬人。
宋庭特別規定，軍中連一級以上單位，漢人至少占75％以上，漢朋兩族之和至少占90％以上。這是吸取唐朝的慘重教訓，唐代繁華之時，漢人不願受苦當兵，軍中異族兵將比例越來越大，最後各重要邊鎮勁旅皆為異族所控，一旦有變，屠刀直指漢人，唐也因此分裂覆滅。
官兵軍銜也基本不變：
士兵：准士、少士、中士、上士、大士
初級軍官：准尉、少尉、中尉、上尉、大尉
中級軍官：准校、少校、中校、上校、大校
高級軍官：准將、少將、中將、上將、大將
頂級軍官：元帥
職務對應軍銜：
士兵：准士、少士、中士、上士、大士
副班：少士、中士、上士、大士、准尉
正班：中士、上士、大士、准尉、少尉
副排：上士、大士、准尉、少尉、中尉
正排：大士、准尉、少尉、中尉、上尉
副連：准尉、少尉、中尉、上尉、大尉
正連：少尉、中尉、上尉、大尉、准校
副營：中尉、上尉、大尉、准校、少校
正營：上尉、大尉、准校、少校、中校
副團：大尉、准校、少校、中校、上校
正團：准校、少校、中校、上校、大校
副旅：少校、中校、上校、大校、准將
正旅：中校、上校、大校、准將、少將
副師：上校、大校、准將、少將、中將
正師：大校、准將、少將、中將、上將.
原先青龍白虎朱雀玄武四軍各有三個師，共12個師，此番增加了四個師，達十六個以步軍為主的禁軍野戰師。
青龍旗下有：11師師長少將吳滿；12師師長准將戴耀祖；13師師長准將羅半天因包庇孔府和師監一起被解職，原青龍軍軍長張達上將自兼師長；14師為新成立的師，原駐守呂宋島的邊軍203師留下一個主力旅恢復原邊軍213旅編號繼續駐守呂宋，剩下的加上原青龍軍軍直屬部隊組成14師，師長是原青龍軍軍參趙良鈐少將，原邊軍203師師長龔義夫准將任副師長。原青龍軍副軍長許漢升中將調任兵部後勤司司長，原青龍軍軍監陳子敬中將改任文職到靖北路任知路。
白虎旗下有：21師師長少將鄧榮，22師師長由原白虎軍軍長陳吊眼上將兼任（原師長張飛和原白虎軍副軍長陸培松在許鋪一戰中犧牲），23師師長少將歐鍾；原駐守濟州島的邊軍201師留下一個主力旅恢復原邊軍211旅編號繼續駐守濟州島，剩下的加上原白虎軍軍直屬部隊組成24師，由原白虎軍軍參林琦少將任師長，原201師師長鄒大力大校任副師長，原201師師監郭通任大校師監。原白虎軍軍監何時中將改任文職到遼寧路任知路。
朱雀旗下有：31師師長准將黃敬；32師師長准將吳重；33師師長准將洪戰青；原駐守中南半島的邊軍202師留下一個主力旅恢復原邊軍212旅的編號繼續駐守中南半島，剩下的加上原朱雀軍軍直屬部隊組成34師，由原朱雀軍軍參符同信少將任師長。原朱雀軍軍長馬南寶上將已調任黃埔軍校廣州本部副校長，頂替半退休到樞密院任太尉的方興上將；原朱雀軍副軍長魯河封中將也去樞密院任太尉，原朱雀軍軍監的胡文可中將改任文職調禮部任外交司司長。
玄武旗下有：41師師長少將杜可用；42師師長少將羅火金；43師師長少將婁鈐度；原玄武軍軍直屬部隊加上經過整訓的義軍和起義偽軍組成44師，師長是原玄武軍軍參卓鬆口少將。玄武軍原軍長鄭虎臣上將升任兵部部長，原副軍長歐南喜中將去樞密院任太尉，原軍監何平中將改任文職到山西路任知路。
除了以上十六個師，近衛師（也稱6師，麒麟為旗）和騎兵師（原稱7師，以貔貅為旗）也屬禁軍。
近衛師師長還是宗渡河中將，師監是楚天舒准將。
為了加強宋軍在北方地區的作戰能力，原騎兵師一擴為三，以原來的三個旅為基礎，擴編為71、72、73三個師，補充的兵源主要來自原來其他各軍各師的騎兵部隊，義軍和起義偽軍中的騎兵，以及新招的騎兵。原騎兵師師長王恨中將改任黃埔軍校北平西山分校副校長，原騎兵師師監洪賢改任文職到河北路任知路。
71師師長由原近衛師副師長李佳少將擔任，他就是投海激子的嫦義女爵李陳氏的兒子，曾在騎兵師當過團長；72師師長是在光復大都時起義的原偽軍將領高盛林少將，他曾多次隨真金在草原作戰；73師長是周海生准將，十四歲不到就入學黃埔一期的他才24歲，是大宋軍中最年輕的師長。
除了禁軍二十個師約六十萬以外，邊軍211旅駐守濟州島；212旅駐守中南半島；213旅駐守呂宋；214旅駐守陝西；215旅駐守山西；216旅駐守河北；217旅駐守遼寧；再成立了218旅準備駐守靖北路，隨後還將成立兩個邊軍旅，219旅將駐紮四川路西部北部，220旅將駐紮雲南路南部，將212旅集中到廣西路南端。共10個邊軍旅約十萬人。
廂軍還是每路一個旅，廣東路101旅、廣西路102旅、福建路103旅、浙江路104旅、四川路105旅、荊湖路106旅、夔州路107旅、雲南路108旅、江淮路109旅、山東路110旅、河南路111旅、陝西路112旅、山西路113旅、河北路114旅、遼寧路115旅、靖北路116旅，共十六個廂軍旅約十六萬人。
工兵也是每路一個旅，廣東路601旅、廣西路602旅、福建路603旅、浙江路604旅、四川路605旅、荊湖路606旅、夔州路607旅、雲南路608旅、江淮路609旅、山東路610旅、河南路611旅、陝西路612旅、山西路613旅、河北路614旅、遼寧路615旅、靖北路616旅，共十六個工兵旅約十六萬人。
由原特軍改稱的府軍也有擴充，由近衛師一部為主新成立361旅專門負責守衛新都北平；301團是侍衛團，負責保衛皇宮和皇帝；302團為兵部直屬團；303團為朝廷各衙警衛團；304團、305團分別在廣州和泉州警衛軍械司和工部工藝坊的各處研究生產機構以及船廠；306團是新兵教導團，專門負責招收和培訓新兵；307團是武工團，主要從事特戰。新成立308團和309團，分別守衛在北平和其他地方軍械司和工部工藝坊的各處研究生產機構以及船廠。府軍共約4萬人。
這樣大宋陸上軍隊滿編的話共約一百零六萬人，祥興十三年（1290）底，邊軍、廂軍、工兵、府軍是基本滿員的，而禁軍中朱雀旗下和玄武旗下的八個師尚未滿員，缺額大約有十萬。
海軍也再次進行了整編，總兵力擴充到十萬人左右，共有五大艦隊，隨著蒸氣機技術的提高，大宋已經能製造航速達每小時四十里以上的鐵甲艦，海軍每個艦隊有蒸汽鐵甲艦一到二艘，還分別配有一到二個陸戰團。
南海艦隊以鯨魚為旗，都統中將陳植，韓無雙任准將副都統，監軍少將吳思齊，參謀長准將郭德磬，下轄四個分艦隊。原南海艦隊都統黎德上將到樞密院任太尉；
東海艦隊以鯊魚為旗，都統中將蔡梅生，監軍中將方鳳，副都統少將吳順，參謀長少將郭烽，下轄四個分艦隊。原都統方川德上將升任兵部副部長。
巡獵艦隊以信天翁為旗，都統中將沈洋，副都統少將田守德，監軍少將黃北望，參謀長大校梁無病。下轄三個分艦隊。
以鎮戍濟州島的濟州艦隊為主組成北海艦隊，以章魚為旗，由張虎任少將都統，柳華申任准將副都統，周仁奉任准將監軍，宋國善任准將參謀長。下轄三個分艦隊。取消濟州島鎮建制，建縣劃歸遼寧路管轄。
以原呂宋艦隊和長江艦隊為主組成南洋艦隊，以鱷魚為旗，都統准將吳林，副都統准將李進財，監軍准將杜行，參謀長大校徐大同。下轄三個分艦隊。原長江艦隊都統張之雄中將到樞密院任太尉。
另外張龍任黃埔軍校崖城分校少將副校長。
淘汰下來的戰船被拍賣給遠洋海商，用於護衛商船.
朝廷也大幅提高了軍人待遇，官兵月餉由軍銜餉、職務餉、軍齡餉、地域餉四部分組成：
軍銜餉：
准士2000文、少士2200文、中士2400文、上士2700文、大士3000文
准尉4000文、少尉4500文、中尉5000文、上尉5500文、大尉6000文
准校7000文、少校8000文、中校9000文、上校10000文、大校11000文
准將20貫（20000文）、少將22貫、中將24貫、上將27貫、大將30貫
元帥40貫
軍銜餉以禁軍和廂軍為基準，海軍高四成，騎兵高二成，廂軍、工兵、和府軍低二成。
職務餉：
副班300文；正班500文；副排700文；正排1000文；
副連1500文；正連2000文；副營2500文；正營3000文；
副團3500文；正團4500文；副旅5500文；正旅8000文；
副師10000文；正師15000文。
軍齡餉為每年200文。
地域餉：主要針對駐紮偏遠艱苦地區的官兵，以軍銜餉倍數規定，最高達二倍。
軍人還有一塊收入，就是軍中立功、殺敵和繳獲都可累計退役積分，兵部戶部每年都有統計。退役的官兵可將退役積分到各地換成土地或者鈔票，新拓區域對退役官兵以退役積分換地還可特別優惠.
祥興十三年底，為了徹底綏靖北方，宋軍在北方組成了三個集群，分別稱薛禮軍、岳飛軍、和衛青軍。
薛禮軍針對東面的高麗，由陳吊眼任指揮使，包括禁軍11、21、22、23、24師，駐紮遼寧路的邊軍217旅、廂軍115旅、和工兵615旅，共約18萬人。
岳飛軍針對東北女真地區，由張達任指揮使，包括禁軍12、13、14師，將要駐紮靖北路的邊軍218旅、廂軍116旅、工兵616旅，以及騎兵71師，戰事一起近衛師也會加入，共約18萬人。
衛青軍針對北面的海都和鐵穆耳，由歐南喜任指揮使，包括禁軍34、41、42、43、44師，駐紮陝西山西河北的邊軍214、215、216旅，廂軍112、113、114旅，和工兵612、613、614旅，以及騎兵72、73師，滿員共約30萬人，實際缺員近十萬。
其餘部隊分駐全國各地。
;